Με τις βασικές θεραπευτικές κατηγορίες από τα πεδία της δυσλιπιδαιμίας, της οστεοπόρωσης,  των λοιμώξεων και της αρτηριακής πίεσης ξεκινά βαθμιαία η εφαρμογή των ανανεωμένων θεραπευτικών και διαγνωστικών πρωτοκόλλων. Όπως είχε σημειώσει και πρόσφατα ο κ. Γιώργος Γιαννόπουλος Γενικός Γραμματέας του Υπουργείου Υγείας (εδώ), είναι ήδη έτοιμα 70 θεραπευτικά πρωτόκολλα προς ενσωμάτωση στην ηλεκτρονική συνταγογράφηση. Αφορούν σε διάγνωση, παρακολούθηση και αντιμετώπιση των παθήσεων σε σχέση με τη βαρύτητα της νόσου ανά ασθενή (βάσει θεραπευτικού αλγορίθμου), με στόχο την συνάρτηση της ιατρικής και θεραπευτικής δαπάνης με τον εξορθολογισμό της δαπάνης.Τα περισσότερα από τα πρωτόκολλα αυτά θα εφαρμοστούν για πρώτη φορά, ενώ θα επικαιροποιηθούν και τα ήδη υπάρχοντα που έχουν ψηφιοποιηθεί και διασυνδεθεί στο Σύστημα της Ηλεκτρονικής Συνταγογράφησης, όπως τα 8 πρώτα που αναρτήθηκαν στο site του Υπουργείου Υγείας (εδώ). 

Σύμφωνα με τον κ. Γιαννόπουλος, «το Υπουργείο Υγείας βρίσκεται σε διαδικασία υλοποίησης μιας μεγάλης μεταρρυθμιστικής προσπάθειας προς όφελος του Πολίτη. Συγκεκριμένα, σε μία προσπάθεια διασφάλισης της ταχύτερης διάγνωσης, της βέλτιστης θεραπείας, της αποτελεσματικότερης παρακολούθησης των ασθενών αλλά και της πλέον αποδοτικής διαχείρισης των πόρων για την υγεία, έχει προχωρήσει από τον Μάιο του 2017 σε ανασύσταση της Επιτροπής για την παρακολούθηση της φαρμακευτικής δαπάνης, την κατάρτιση και επεξεργασία των διαγνωστικών/θεραπευτικών πρωτοκόλλων και τη δημιουργία μητρώων ασθενών».
Η Επιτροπή αυτή είναι υπεύθυνη για την έγκριση και εφαρμογή των διαγνωστικών και θεραπευτικών πρωτοκόλλων συνταγογράφησης στην κλινική πράξη, μέσω της ενσωμάτωσής τους στις ηλεκτρονικές εφαρμογές υγείας. Παράλληλα προωθείται η ανάπτυξη κλινικών πρωτοκόλλων τα οποία θα ενσωματωθούν στα πληροφοριακά συστήματα των νοσοκομείων και θα διασυνδεθούν με το σύστημα των Κλειστών Ενοποιημένων Νοσηλίων, η ανάπτυξη και  ενσωμάτωση στη συνταγογράφηση ενός συνοπτικού ιατρικού ιστορικού, η ανάπτυξη του Ατομικού Ηλεκτρονικού Φακέλου Ασθενή και η δημιουργία Μητρώων Χρονίων Παθήσεων.

Η σύνταξη των διαγνωστικών και θεραπευτικών πρωτοκόλλων βασίστηκε στις εισηγήσεις των αντίστοιχων Επιστημονικών Ομάδων Εργασίας αποτελούμενων από ιατρούς με αποδεδειγμένη εκπαίδευση, εξειδίκευση και εμπειρία στο εκάστοτε γνωστικό αντικείμενο.  
Απώτερος στόχος είναι να αποτελέσουν τα  εργαλεία αυτά ηλεκτρονικής υγείας ένα χρήσιμο βοήθημα για την εφαρμογή κανόνων ορθής κλινικής πρακτική με στόχο την αποτελεσματική παροχή φροντίδας υγείας, αλλά και ένα εργαλείο συλλογής μεγάλων δεδομένων (big data) για τη λήψη αποφάσεων σχετικών με πολιτικές υγείας.

Ήδη λοιπόν στο site του Υπουργείου Υγείας, έχουν αναρτηθεί 16 βασικές κατηγορίες θεραπευτικών πρωτοκόλλων οι οποίες και θα συμπληρώνονται σταδιακά η κάθε μία με εξειδικευμένα πρωτόκολλα. 
Η αρχή έγινε ήδη όπως σημειώσαμε, με τις προαναφερθείσες συγκεκριμένες κατηγορίες, όπου μάλιστα στην οστεοπόρωση περιλαμβάνονται δύο πρωτόκολλα (από τα περισσότερα των 5 που είχαμε μέχρι σήμερα), ενώ στην κατηγορία των λοιμώξεων έχουν αναρτηθεί πρωτόκολλα για τη βρογχίτιδα, ρινοκολπίτιδα, πνευμονία κοινότητας και φαρυγγοαμυγδαλίτιδα . 

Προς το παρόν έχει γίνει επικαιροποίηση 8 πρωτοκόλλων και μέχρι το καλοκαίρι εικάζεται ότι θα έχει ολοκληρωθεί η ανάρτηση και εφαρμογή στη συνταγογράφηση περίπου 40, όπου θα περιλαμβάνονται και πολλά νέα. Μάλιστα στις βασικές κατηγορίες περιλαμβάνονται σήμερα και δυο ιδιαίτερα νέες που είναι τα πρωτόκολλα των νεοπλασιών και των αιματολογικών νοσημάτων
Η όλη διαδικασία είναι δυναμική και γι αυτό κρίνεται απαραίτητη η τακτική αναθεώρηση ώστε να ενσωματώνονται οι ιατρικές εξελίξεις όπως για πράδειγμα εγίνε τώρα στη δυσλιπιδαιμία όπου στο σχετικό πρωτόκολλο προβλέπονται  πλέον και τα μονοκλωνικά αντισώματα κατά της PCSK9.