Εμπλουτίζεται σταδιακά η ΗΔΙΚΑ με θεραπευτικά πρωτόκολλά, μια απαραίτητη συνθήκη ώστε να μπει μια τάξη και στη συνταγογράφηση όπως ευαγγελίζεται και το Υπουργείο Υγείας. Σύμφωνα μάλιστα με τις σχετικές αναρτήσεις στην ιστοσελίδα του υπουργείου, κάποιες από τις βασικές θεραπευτικές κατηγορίες έχουν ήδη συμπληρωμένα πρωτόκολλα τα οποία ξεπερνούν τα 20, ενώ όπως έχει επισημάνει και ο κ. Γιώργος Γιαννόπουλος Γενικός Γραμματέας του Υπουργείου Υγείας, έχουν ολοκληρωθεί ως αλγόριθμοι πάνω από 80 πρωτόκολλα από τις Ομάδες Εργασίας που πλαισίωσαν την Επιτροπή Παρακολούθησης της Φαρμακευτικής  Δαπάνης, Κατάρτισης και Επικαιροποίησης Πρωτοκόλλων και Μητρώων Ασθενών.
Τα πρωτόκολλα αυτά αφορούν σε διάγνωση, παρακολούθηση και αντιμετώπιση των παθήσεων σε σχέση με τη βαρύτητα της νόσου ανά ασθενή (βάσει θεραπευτικού αλγορίθμου), με στόχο την συνάρτηση της ιατρικής και θεραπευτικής δαπάνης με τον εξορθολογισμό της δαπάνης. Τα περισσότερα από τα πρωτόκολλα αυτά θα εφαρμοστούν για πρώτη φορά, ενώ θα επικαιροποιηθούν και τα ήδη υπάρχοντα που έχουν ψηφιοποιηθεί και διασυνδεθεί στο Σύστημα της Ηλεκτρονικής Συνταγογράφησης

Σύμφωνα με το Υπουργείο Υγείας, οι βασικές κατηγορίες Διαγνωστικών και Θεραπευτικών Πρωτοκόλλων Συνταγογράφησης  είναι 16 και συγκεκριμένα των: Αιματολογικών Νοσημάτων, Αναπνευστικών Νοσημάτων, Αρτηριακής Υπέρτασης, Γαστρεντερολογικών Νοσημάτων, Σακχαρώδη Διαβήτη, Επώδυνων Συνδρόμων, Καρδιαγγειακών Νοσημάτων, Λοιμώξεων, Νεοπλασιών, Νευρολογικών Νοσημάτων, Οστεοπόρωσης-Νόσου Paget, Οφθαλμολογικών Νοσημάτων, Σπανίων Παθήσεων, Δυσλιπιδαιμίας, Ψυχιατρικών Νοσημάτων και Ψωρίασης. 

Από τις παραπάνω κατηγορίες έχουν «συμπληρωθεί» με βάση τα στοιχεία του υπουργείου με ένα πρωτόκολλο η αρτηριακή υπέρταση και ένα πρωτόκολλο για την Κολπική Μαρμαρυγή τα καρδιαγγειακά νοσήματα. 
Από κει και πέρα στα Πρωτόκολλα Γαστρεντερολογικών Νοσημάτων, περιλαμβάνονται ξεχωριστά κατευθυντήριες οδηγίες για την Ελκώδη Κολίτιδα, τη νόσο Crohn, αλλά και επιμέρους οδηγίες για συνταγογράφηση αναστολέων αντλίας πρωτονίων που αφορούν σε Γαστροπροστασία, Γαστροϊσοφαγική Παλινδρομική Νόσο, Δυσπεψία, Εκρίζωση του Ελικοβακτηριδίου του Πυλωρού και Πεπτικό έλκος. 

Για το Σακχαρώδη Διαβήτη τα πρωτόκολλα περιλμβάνουν οδηγίες για το Διαβήτη τύπου 1, το Διαβήτη τύπου 2, το Διαβήτη Κύησης, το Νεογνικό, Άλλους τύπους Διαβήτη και την  Ινσουλινοπενία από ιατρικές πράξεις 

Στα Διαγνωστικά και Θεραπευτικά Πρωτόκολλα Συνταγογράφησης Λοιμώξεων, περιλαμβάνονται οι οδηγίες για την οξεία βρογχίτιδα, την οξεία ρινοκολπίτιδα, την πνευμονία κοινότητας, την οξεία  φαρυγγοαμυγδαλίτιδα και το πιο πρόσφατο η λοιμώδης γαστρεντερίτιδα. Επίσης στα Πρωτόκολλα Οστεοπόρωσης, περιέχονται οδηγίες για την οστεοπόρωση από κορτικοειδή και την Νόσο Paget. Στα πρωτόκολλα της Δυσλιπιδαιμίας προβλέπεται η διαγνωστική και θεραπευτική διαχείριση της υψηλής χοληστερίνης περιλαμβάνοντας παράλληλα και τους ασθενείς με οικογενή υπερχοληστερολαιμία

Σύμφωνα με τον κ. Γιαννόπουλο, «το Υπουργείο Υγείας βρίσκεται σε διαδικασία υλοποίησης μιας μεγάλης μεταρρυθμιστικής προσπάθειας προς όφελος του Πολίτη. Συγκεκριμένα, σε μία προσπάθεια διασφάλισης της ταχύτερης διάγνωσης, της βέλτιστης θεραπείας, της αποτελεσματικότερης παρακολούθησης των ασθενών αλλά και της πλέον αποδοτικής διαχείρισης των πόρων για την υγεία, έχει προχωρήσει από τον Μάιο του 2017 σε ανασύσταση της Επιτροπής για την παρακολούθηση της φαρμακευτικής δαπάνης, την κατάρτιση και επεξεργασία των διαγνωστικών/θεραπευτικών πρωτοκόλλων και τη δημιουργία μητρώων ασθενών».
Η Επιτροπή αυτή είναι υπεύθυνη για την έγκριση και εφαρμογή των διαγνωστικών και θεραπευτικών πρωτοκόλλων συνταγογράφησης στην κλινική πράξη, μέσω της ενσωμάτωσής τους στις ηλεκτρονικές εφαρμογές υγείας. Παράλληλα προωθείται η ανάπτυξη κλινικών πρωτοκόλλων τα οποία θα ενσωματωθούν στα πληροφοριακά συστήματα των νοσοκομείων και θα διασυνδεθούν με το σύστημα των Κλειστών Ενοποιημένων Νοσηλίων, η ανάπτυξη και  ενσωμάτωση στη συνταγογράφηση ενός συνοπτικού ιατρικού ιστορικού, η ανάπτυξη του Ατομικού Ηλεκτρονικού Φακέλου Ασθενή και η δημιουργία Μητρώων Χρονίων Παθήσεων.

Η σύνταξη των διαγνωστικών και θεραπευτικών πρωτοκόλλων βασίστηκε στις εισηγήσεις των αντίστοιχων Επιστημονικών Ομάδων Εργασίας αποτελούμενων από ιατρούς με αποδεδειγμένη εκπαίδευση, εξειδίκευση και εμπειρία στο εκάστοτε γνωστικό αντικείμενο. 
Απώτερος στόχος είναι να αποτελέσουν τα  εργαλεία αυτά ηλεκτρονικής υγείας ένα χρήσιμο βοήθημα για την εφαρμογή κανόνων ορθής κλινικής πρακτική με στόχο την αποτελεσματική παροχή φροντίδας υγείας, αλλά και ένα εργαλείο συλλογής μεγάλων δεδομένων (big data) για τη λήψη αποφάσεων σχετικών με πολιτικές υγείας.
Η όλη διαδικασία είναι δυναμική και γι αυτό κρίνεται απαραίτητη η τακτική αναθεώρηση ώστε να ενσωματώνονται οι ιατρικές εξελίξεις όπως για παράδειγμα έγινε τώρα στη δυσλιπιδαιμία όπου στο σχετικό πρωτόκολλο προβλέπονται  πλέον και τα μονοκλωνικά αντισώματα κατά της PCSK9.