Δυστοκία στις εισπράξεις  καταβολών από τον ΕΟΠΥΥ παρατηρείται τα τελευταία χρόνια από την πλειοψηφία των Δημοσίων Νοσοκομείων, γεγονός το οποίο εκτοξεύει τα ληξιπρόθεσμα αυτών προς τους προμηθευτές τους. Την ίδια στιγμή διαπιστώνεται σημαντικό πρόβλημα  στον τρόπο διαχείρισης των πόρων των νοσοκομείων, που επίσης εκτοξεύει τις δαπάνες τους. Το βασικό αίτιο έγκειται στο γεγονός ότι τα δημόσια νοσοκομεία δεν έχουν οργανωμένο σύστημα υποβολών προς το οργανισμό με αποτέλεσμα αφενός να μη γίνεται εκκαθάριση αφετέρου να μην μπορεί ο οργανισμός να πληρώσει στο σωστό χρόνο. 

Στην τελευταία συνεδρίαση της Επιτροπής Κοινωνικών και Οικονομικών Υποθέσεων της Βουλής, όπου παρουσιάστηκε η έκθεση για την πορεία των ληξιπρόθεσμων του Ελληνικού Δημοσίου, τονίστηκε ιδιαίτερα το γεγονός των οφειλών των νοσοκομείων του ΕΣΥ προς τους προμηθευτές τους (εδώ).  Σημειώθηκε ότι «τα προβλήματα που δημιουργεί ως προς τα νοσοκομεία ο ΕΟΠΥΥ, αφορούν στο γεγονός ότι δεν υπάρχει μια περιοδικότητα στις καταβολές».

Μάλιστα ως ένα καίριο παράδειγμα αναφέρθηκε το μεγαλύτερο νοσοκομείο της χώρας, ο Ευαγγελισμός. Με βάση τα στοιχεία που παρουσιάστηκαν, ο Ευαγγελισμός φέρεται το 2016 να έλαβε συνολικά από τον ΕΟΠΥΥ 8,68 εκατ. ευρώ εκ των οποίων όμως τα 1,62 εκατ. πιστώθηκαν στη λήξη του χρόνου. Αντίστοιχα το 2017 κατεβλήθησαν 5,48 εκατ. ευρώ εκ των οποίων τα 3,22 εκατ. ευρώ επίσης στις 28-29 Δεκεμβρίου. Επίσης συνολικά φαίνεται ο ΕΟΠΥΥ να χρωστά στον Ευαγγελισμός το τέλος του 2017 περί τα 260 εκατ. ευρώ, τα οποία μάλιστα ήταν αυξημένα κατά 50 εκατ. ευρώ σε σχέση με το  τέλος του 2016. Αυτό σύμφωνα με το σκεπτικό του Ελεγκτικού Συνεδρίου δημιουργεί πρόβλημα ρευστότητας  κι έτσι το νοσοκομείο δεν μπορεί πληρώσει μέσα στο έτος δημιουργώντας ληξιπρόθεσμες οφειλές. 

Αυτό που το Ελεγκτικό Συνέδριο όμως δεν ήταν σε θέση να γνωρίζει ήταν ο τρόπος που το νοσοκομείο διεκδικούσε τις καταβολές. Σύμφωνα με πληροφορίες, ο Ευαγγελισμός καταθέτει τιμολόγια για αποζημίωση από τον ΕΟΠΥΥ με καθυστέρηση ενός χρόνου. Αξίζει να αναφερθεί ότι σήμερα το νοσοκομείο υποβάλει τις τιμολογήσεις του Νοεμβρίου του 2017! Και δεν είναι το μόνο. Το ΚΑΤ επίσης το φετινό Νοέμβριο υποβάλει τιμολογήσεις του Δεκέμβρη του 2017 όπως και το Νοσοκομείο Έδεσσας. Εκτιμάται ότι 2 στα 3 δημόσια νοσοκομεία υποβάλλουν  τιμολόγια προς τον ΕΟΠΥΥ για αποζημίωση με καθυστέρηση 10 μηνών και πάνω. 
Εντοπίζεται λοιπόν σημαντικό πρόβλημα στην υποβολή τιμολογίων, όμως το μεγαλύτερο θέμα, είναι η εκκαθάρισή τους. Ως γνωστόν τα Δημόσια Νοσοκομεία δεν υποβάλουν προς εκκαθάριση τις τιμολογήσεις του όπως κάνουν σε σχετικά πραγματικό χρόνο οι Ιδιώτες Πάροχοι. Αυτό πέρα από το γεγονός της ανισονομίας ανάμεσα σε ιδιωτικό και δημόσιο τομέα, προκαλεί σπατάλες και πρόσθετη δαπάνη αφού δεν υπάρχει ουσιαστικός έλεγχος. 

Ο ΕΟΠΥΥ ήδη από το 2016 έχει ενεργοποιήσει το σύστημα αυτόματης εκκαθάρισης, με τους Ιδιώτες Παρόχους να υποβάλουν άμεσα, να εκκαθαρίζονται αυτές οι υποβολές σε λίγες μέρες και να αποζημιώνονται γρήγορα. Τα νοσοκομεία ενώ έχουν αντίστοιχα συστήματα, λόγω υποστελέχωσης δεν έχουν σε ένα μεγάλο ποσοστό ενταχθεί σε αυτό το σύστημα κι αυτό με την «ευλογία» του Υπουργείου Υγείας το οποίο ενώ αρχικά με σχετική απόφαση τα υποχρέωνε να ενταχθούν τον Ιούλιο του 2017, τελικά έδωσε παράταση μέχρι το τέλος του 2018. Δηλαδή θα πρέπει από τις αρχές του έτους και τα νοσοκομεία του ΕΣΥ να υποβάλουν. 

Ο πρόεδρος του ΕΟΠΥΥ, Σωτήρης Μπερσίμης, από την αρχή της εφαρμογής του συστήματος τόνιζε τη σημασία αυτής της διαδικασίας και για τα δημόσια νοσοκομεία τα οποία έτσι κι αλλιώς έχουν μερίδιο της τάξης του 80% στη δευτεροβάθμια περίθαλψη της χώρας. Επίσης έχει ήδη συσταθεί σχετική επιτροπή για τη μετάβαση των νοσοκομείων σε αυτό το καθεστώς υποβολών. Μάλιστα την προηγούμενη εβδομάδα η διοίκηση του ΕΟΠΥΥ συναντήθηκε με τους διοικητές των ΥΠΕ και συζήτησαν το συγκεκριμένο ζήτημα, καθώς ο χρόνος της ένταξης των δημοσίων νοσοκομείων σε διαδικασία εκκαθάρισης πλησιάζει. 
Σύμφωνα με εκτιμήσεις μέσω του συστήματος της εκκαθάρισης θα μπορούσε να επιτευχθεί εξορθολογισμός των δαπανών κατά 30% δηλαδή θα αποφεύγονταν οι σπατάλες και θα υπήρχε σωστή κατανομή των πόρων  των δημοσίων νοσοκομείων. Παράλληλα θα μπορούσε να επιτευχθεί και εξοικονόμηση της τάξης του 10%, δηλαδή μείωση εξόδων. 

Το σύστημα της εκκαθάρισης μπορεί να αποτελέσει και βασικό εργαλείο για τη διοίκηση του κάθε νοσοκομείο το οποίο θα γνωρίζει τις πραγματικές ανάγκες και θα μπορεί να προχωρήσει σε διαγωνισμούς και παραγγελίες με σωστό τρόπο. Αντίστοιχα είναι εργαλείο και για την ΕΚΑΠΥ για τη διενέργεια των διαγωνισμών. Επίσης και ο ΕΟΠΥΥ θα γνωρίζει τι ακριβώς πληρώνει καθώς θα μπορεί να έχει και σωστό έλεγχο.