Υποχρέωση εγγραφής στο Γενικό Εμπορικό Μητρώο έχουν και οι φαρμακοποιοί, σύμφωνα με  απαντητικό έγγραφο της Γενικής Γραμματείας Εμπορίου και Προστασίας Καταναλωτή, σε ερώτημα που της τέθηκε. 

Στην ανακοίνωση της Γενικής Γραμματείας τονίζεται ότι:

Στο ΓΕΜΗ εγγράφονται τα φυσικά πρόσωπα που είναι έμποροι στην ημεδαπή, όπως ορίζεται στην παρ. 1 του άρθρου 1 του ν. 3419/2005, και επομένως εγγράφονται και οι φαρμακοποιοί. 

Το γεγονός ότι βάσει της διάταξης του άρθρου 4 του γ. 3601/1928 (ΦΕΚ 119 Α') οι φαρμακοποιοί εξαιρούνται από την υποχρέωση εγγραφής τους στα επιμελητήρια, δεν τους αφαιρεί την εμπορική τους ιδιότητα. Σημειωτέον δε, ότι η εν λόγω εξαίρεση εξακολουθεί να ισχύει. Είναι όμως σημαντικό να διαχωριστεί η έννοια του Γενικού Εμπορικού Μητρώου του ν. 3419/2005, το οποίο είναι το κεντρικό μητρώο εμπορικής δημοσιότητας της χώρας και τηρείται από τις υπηρεσίες ΓΕΜΗ των επιμελητηρίων, από τα επιμέρους επιμελητηριακά μητρώα, τα οποία τηρούνται από κάθε επιμελητήριο βάσει των διατάξεων του ν. 2081/ 1992. 

Επιπλέον n Γενική Γραμματεία υπενθυμίζει ότι:
1. Προθεσμία εγγραφής ατομικών επιχειρήσεων οποιουδήποτε είδους στο ΓΕΜΗ δεν προβλέπεται από τον νόμο. 
2. Προβλέπεται υποχρέωση καταχώρισης στο ΓΕΜΗ του αποδεικτικού υποβολής δήλωσης φορολογίας εισοδήματος των ατομικών επιχειρήσεων και των προσωπικών εταιρειών με προθεσμία δύο μηνών από την υποβολή της εν λόγω δήλωσης στη φορολογική διοίκηση. 
3. Εκ των ανωτέρω τεκμαίρεται ότι προϋπόθεση για την καταχώριση στο ΓΕΜΗ του αποδεικτικού υποβολής φορολογικής δήλωσης είναι η εγγραφή του υπόχρεου στο ΓΕΜΗ. Συνεπώς εν τοις πράγμασι n προθεσμία εγγραφής των ατομικών επιχειρήσεων στο ΓΕΜΗ είναι ίδια με αυτή του αποδεικτικού υποβολής δήλωσης, και άρα έχει επίσης παρέλθει. 
4. Ωστόσο κυρώσεις για την εκπρόθεσμη εγγραφή της ατομικής επιχείρησης και την εκπρόθεσμη καταχώριση του αποδεικτικού υποβολής φορολογικής δήλωσης δεν μπορούν να επιβληθούν γιατί δεν έχει εκδοθεί η υπουργική απόφαση που προβλέπεται στο άρθρο 17 του ν. 3419/2005 όπως έχει τροποποιηθεί και ισχύει. 
5. Κατόπιν των παραπάνω, καθίσταται σαφές ότι δεν τίθεται θέμα παράτασης των προθεσμιών για την εγγραφή ατομικών επιχειρήσεων φαρμακείων στο ΓΕΜΗ. Ωστόσο προκειμένου να εξασφαλιστεί n εύρυθμη λειτουργία του ΓΕΜΗ αλλά και των ίδιων των φαρμακείων, οι εγγραφές που εκκρεμούν πρέπει να ολοκληρωθούν το συντομότερο δυνατόν.