Εμπλοκή στα φάρμακα δημιουργούν οι δασμολογικές κατηγοριοποιήσεις για την εισαγωγή τους, καθώς οδηγούν σε ανάγκη αναμόρφωσης του τελευταίου δελτίου τιμών φαρμάκων που εκδόθηκε για να κατεβάσει τον ΦΠΑ στα φάρμακα από 6,5% στο 6%.

Διαφοροποίηση μεταξύ του νόμου για τη διαπραγμάτευση και σύναψη συμφωνίας με τον Ευρωπαϊκό Μηχανισμό Στήριξης (Ε.Μ.Σ.) και της ερμηνευτικής εγκυκλίου του υπουργείου Οικονομικών, αλλά και ο τρόπος διατύπωσης της αρχικής διάταξης, "στέλνει" σε ποσοστό ΦΠΑ 13% σειρά φαρμάκων, ανάλογα με τη δασμολογική τους κατάταξη.

Στα προϊόντα που βρίσκονται "εκτός" περιλαμβάνονται κάποια εμβόλια, σκιαγραφικά και πιθανότατα και κάποιοι βιολογικοί παράγοντες, αιματολογικά κλπ. 

Για την ώρα δεν έχει γίνει γνωστή η έκταση του προβλήματος που έχει δημιουργηθεί από την διατύπωση της σχετικής διάταξης, και το θέμα έχει παραπεμφθεί από το υπουργείο Υγείας στο υπουργείο Οικονομικών για διευκρίνιση.

Μέχρι τότε, αναμένεται να προσδιοριστούν από την ΗΔΙΚΑ οι ασφαλιστικές τιμές βάσει του τελευταίου δελτίου τιμών, ώστε να προσδιοριστεί και η συμμετοχή του ΕΟΠΥΥ στα φάρμακα.

Αναλυτικά, το πρόβλημα έχει δημιουργηθεί στις κατηγορίες 12 και 13 του Παραρτήματος του προαναφερόμενου νόμου.
Η διάταξη αναφέρει τα εξής:
" 12. Φαρμακευτικά προϊόντα (Δ.Κ. 3001, 3002, 3003, 3004, 3005 και 3006).
   13. Φάρμακα για την ιατρική του ανθρώπου των δασμολογικών κλάσεων 3003 και 3004. Εμβόλια για την ιατρική του ανθρώπου της δασμολογικής κλάσης 3002. (Δ.Κ. ΕΧ 3002, ΕΧ 3003, ΕΧ 3004). Ο συντελεστής του φόρου για τα αγαθά της παρούσας περίπτωσης ορίζεται σε έξι τοις εκατό (6%)".
Από τη διατύπωση διαφοροποιούνται τα εμβόλια σε αυτά της δασμολογικής κλάσης 3002 που παίρνουν ΦΠΑ 6%, αφήνοντας τα υπόλοιπα εμβόλια να μεταφερθούν στο 13%, ενώ δεν ορίζεται σαφώς τι γίνεται με τις δασμολογικές κλάσεις 3001, 3005 και 3006. Γιατί οι κλάσεις αυτές βρίσκονται στο Παράρτημα που ορίζει τις υπαγωγές σε ΦΠΑ 13%, εφόσον λείπει η διευκρίνιση ότι υπάγονται σε ΦΠΑ 6%.

Το θέμα συζητείται στα δύο υπουργεία Υγείας και Οικονομικών, σε συνεργασία με την πρωτοβάθμια επιτροπή λίστας, καθώς είναι σαφής η αρχική διαπραγμάτευση που τοποθέτησε τα φάρμακα σε κατηγορία ΦΠΑ 6% και εκεί θα παραμείνουν. Τώρα αναζητείται λύση νομοτεχνικά, ώστε να διορθωθεί το τυπικό πρόβλημα, πριν απαιτηθεί αναμόρφωση του δελτίου τιμών και οδηγήσει σε αυξημένες δαπάνες τον ΕΟΠΥΥ και τους ασθενείς.