Πιστή τήρηση της νομοθεσίας για τη συνταγογράφηση ζητά ο ΕΟΠΥΥ από γιατρούς και φαρμακοποιούς, ύστερα από ελέγχους που διενήργησε η ΥΠΕΔΥΦΚΑ σε φαρμακεία και σε κατ΄ οίκον ελέγχους των ασφαλισμένων.

Σε σχετική εγκύκλιο που εκδόθηκε μετά τους ελέγχους, ο πρόεδρος του ΕΟΠΥΥ Σωτήρης Μπερσίμης, σημειώνει πως:
1. Η συνταγή απαραίτητα συνοδεύεται από το βιβλιάριο υγείας του ασφαλισμένου στο οποίο ο φαρμακοποιός ελέγχει την καταχώρηση των φαρμάκων και σημειώνει την εκτέλεση με σφραγίδα και υπογραφή. 
2. Η καταχώρηση στο βιβλιάριο υγείας της συνιστώμενης αγωγής με σφραγίδα και υπογραφή ιατρού γίνεται ακριβώς όπως έχει συνταγογραφηθεί στην ηλεκτρονική συνταγή.

Η διαπίστωση παράβασης για την μη αναγραφή στο βιβλιάριο υγείας του ασφαλισμένου επισύρει κυρώσεις τόσο για το γιατρό όσο και για το φαρμακοποιό που εκτελεί τη συνταγή.

Ο ΕΟΠΥΥ επισημαίνει ότι η απουσία αναγραφής της συνιστώμενης αγωγής από τον θεράποντα γιατρό δυσχεραίνει τον έλεγχο και την ορθή συνταγογράφηση για τον επόμενο θεράποντα γιατρό ο οποίος δεν μπορεί με άλλο τρόπο να ελέγξει τη αγωγή που λαμβάνει ο ασφαλισμένος. Οι γιατροί έχουν τη δυνατότητα επισκόπησης των συνταγών ή παραπεμπτικών που έχουν καταχωρίσει ηλεκτρονικά οι ίδιοι. Αν κρίνεται αναγκαίο για τον προσδιορισμό της κατάλληλης φαρμακευτικής αγωγής οι γιατροί μπορούν με την κάθε φορά ρητή και ειδική συγκατάθεση του ασθενούς να έχουν πρόσβαση στα δεδομένα τυχόν προηγούμενης φαρμακευτικής αγωγής ή ιατρικών πράξεων που έχουν καταχωριστεί από άλλους γιατρούς. Οι γιατροί επιτρέπεται να χρησιμοποιούν τα δεδομένα αυτά αποκλειστικά για τον παραπάνω σκοπό. Η πρόσβαση καταχωρίζεται στο σύστημα ηλεκτρονικής συνταγογράφησης.

Επιπλέον οι θεράποντες ιατροί υποχρεούνται:
- Να ελέγχουν από το βιβλιάριο υγείας τυχόν προηγούμενη φαρμακευτική αγωγή, για την ίδια νόσο, ώστε να αποφεύγεται η συνταγογράφηση ιδιοσκευασμάτων η δραστική ουσία των οποίων έχει αποδειχθεί αναποτελεσματική στο συγκεκριμένο ασθενή ή ακατάλληλη για την περίπτωσή του. Επιτρέπεται όμως η αναγραφή ισοδυνάμου σκευάσματος που ταυτίζεται φαρμακολογικά από πλευράς ουσίας με φάρμακο που έχει συνταγογραφηθεί.
- Να μη επαναλαμβάνουν τη συνταγή φαρμάκων, εφόσον από τη δοσολογία που υποχρεωτικά αναγράφεται στη συνταγή και το χρόνο λήψης, δεν δικαιολογείται η ανάλωση των χορηγηθέντων με την προηγούμενη συνταγή.

Συνταγογράφηση φαρμάκων με κωδεΐνη
Όσο αφορά την συνταγογράφηση φαρμακευτικών ιδιοσκευασμάτων που περιέχουν  κωδεΐνη, αυτά χορηγούνται:
1) Με απλή ιατρική συνταγή φυλασσόμενη επί διετία μπορεί να χορηγηθεί αριθμός συσκευασιών τόσων, ώστε συνολικά η ποσότητα της κωδεΐνης ανά συνταγή να μην υπερβαίνει τα 200mg.
2) Με συνταγή του ν. 1729/1987 (μονόγραμμη - θεωρημένη από τη Νομαρχία) φυλασσόμενη επί τριετία μπορεί να χορηγηθεί αριθμός συσκευασιών τόσων ώστε συνολικά η ποσότητα της κωδεΐνης ανά συνταγή να μην υπερβαίνει τα 400mg.
3) Με ειδική συνταγή ναρκωτικών (δίγραμμη - θεωρημένη από τη Νομαρχία) φυλασσόμενη επί τριετία μπορεί να χορηγηθεί αριθμός συσκευασιών όταν συνολικά η ποσότητα της κωδεΐνης ανά συνταγή υπερβαίνει τα 400mg.
Η εγκύκλιος καταλήγει, υπογραμμίζοντας πως "η διαπίστωση παραβάσεων κατά την έκδοση και εκτέλεση των ανωτέρω συνταγών με κωδεϊνούχα ιδιοσκευάσματα επισύρει κυρώσεις".