Όπως ήταν αναμενόμενο, η δημοσιοποίηση της ΚΥΑ για το ιδιοκτησιακό καθεστώς των φαρμακείων τέθηκε υπό το μικροσκόπιο των φαρμακοποιών, οι οποίοι προχώρησαν στη διατύπωση μίας σειράς παρατηρήσεων επί της συγκεκριμένης απόφασης, μέσω της Νομικής Υπηρεσίας του Π.Φ.Σ. Οι φαρμακοποιοί αναφέρουν γενικά ότι διατηρείται  απαγόρευση οι ιδιώτες μη φαρμακοποιοί να αποκτούν με οποιαδήποτε τρόπο (συστέγαση ή κατ’ εξαίρεση συστέγαση) άδεια ιδρύσεως φαρμακείου των ήδη λειτουργούντων φαρμακείων.

Ο Π.Φ.Σ. σημειώνει ακόμη ότι με την ΚΥΑ παραμένει το «αποκλειστικό προνόμιο για την χορήγηση άδειας ίδρυσης φαρμακείου στους συνεταιρισμούς φαρμακοποιών μελών της Ομοσπονδίας Συνεταιρισμών Φαρμακοποιών Ελλάδος (ΟΣΦΕ)» και μάλιστα καλεί την Ομοσπονδία να τοποθετηθεί επί της συγκεκριμένης διάταξης. 
Οι φαρμακοποιοί επίσης παρατηρούν ότι θεσπίζεται ανώτατος επιτρεπόμενος αριθμός χορηγούμενων αδειών στο ίδιο φυσικό πρόσωπο με ανώτατο όριο για το 2020 οι 10 άδειες, ενώ προστίθεται η πρόβλεψη ότι οι προϋποθέσεις για την ΕΠΕ η οποία θα ιδρυθεί προκειμένου να λειτουργήσει ένα φαρμακείο, πρέπει υποχρεωτικά να συντρέχουν καθ’ όλο το χρόνο της λειτουργίας του φαρμακείου από την ΕΠΕ καθώς και σε κάθε οποιαδήποτε περίπτωση μεταβίβασης των εταιρικών ποσοστών.

Θεσπίζεται ανώτατος επιτρεπόμενος αριθμός εταιρειών στις οποίες κάθε εταίρος και φαρμακοποιός που διατηρεί ατομική επιχείρηση λειτουργίας και εκμετάλλευσης φαρμακείου, μπορεί να συμμετέχει, με ανώτατο όριο τις δέκα (10) συνολικά προσωπικές ή κεφαλαιουχικές εταιρείες εκμετάλλευσης φαρμακείου μέχρι το 2020.

Παρατηρούν ακόμη ότι καθώς δεν υπάρχει σχετική πρόβλεψη, φαίνεται εκ πρώτης ότι βούληση του Νομοθέτη είναι να μην υπάρχει περιορισμός στη συμμετοχή του τρίτου (ιδιώτη μη φαρμακοποιού, ή φαρμακοποιού) στο εταιρικό κεφάλαιο των εταιρειών εκμεταλλεύσεως φαρμακείου με οιοδήποτε ποσοστό. Επίσης δεν υπάρχει σχετική πρόβλεψη φαίνεται εκ πρώτης ότι βούληση του Νομοθέτη είναι να μην υπάρχει περιορισμός ως προς το πρόσωπο του διαχειριστή/νόμιμου εκπρόσωπου των εταιρειών εκμεταλλεύσεως φαρμακείου. Φαίνεται ότι διαχειριστής/νόμιμος εκπρόσωπος δεν είναι υποχρεωτικό να είναι ο αδειούχος φαρμακοποιός, αλλά ένας εκ των εταίρων/μετόχων.