Σε εξέλιξη βρίσκεται η κατάρτιση και επικαιροποίηση 20 νέων θεραπευτικών πρωτοκόλλων που θα ενσωματωθούν στην ηλεκτρονική συνταγογράφηση, προκειμένου να εφαρμόζονται σταδιακά οι θεραπευτικές επιλογές, ανάλογα με τα διαθέσιμα σκευάσματα.
 
Οι γιατροί θα είναι υποχρεωμένοι να τηρούν τις οδηγίες των θεραπευτικών πρωτοκόλλων και να συνταγογραφούν κατ΄ αρχήν τα φάρμακα πρώτης γραμμής και μόνο αν η θεραπεία δεν έχει τα αναμενόμενα αποτελέσματα, τότε θα προχωρούν στη χορήγηση συνδυαστικών σχημάτων ή στη συνταγογράφηση φαρμάκων δεύτερης και τρίτης γραμμής.
 
Το πρόβλημα που πρέπει να αντιμετωπίσει το σύστημα συνταγογράφησης, είναι η περίπτωση που ο ασθενής - συνήθως για λόγους ταχύτητας - δεν απευθύνεται στο δημόσιο σύστημα υγείας, αλλά καταφεύγει στον ιδιωτικό τομέα, οπότε η θεραπεία πρώτης γραμμής έχει ήδη διανύσει σημαντικό χρόνο, χρειάζεται ενίσχυση και η όλη πορεία της θεραπείας δεν έχει καταγραφεί στο προφίλ του ασθενή, όπως αυτό εμφανίζεται στην ηλεκτρονική συνταγογράφηση.
 
Για την ώρα, τα υπό κατάρτιση πρωτόκολλα, αφορούν τα εξής:
 
1. Υπέρταση,
2. Υπερλιπιδαιμία
3. Αντιπηκτικά
4. Στεφανιαία νόσος
5. Διαβήτης
6. Φλεγμονώδη Νοσήματα Εντέρου 
7. Ελικοβακτηρίδιο πυλωρού
8. Λοιπά γαστρεντερολογικά προβλήματα
9. Οστεοπόρωση
10. Καρκίνος Μαστού - Προστάτη, Παχέως εντέρου, Πνεύμονα,
11. Άνοια 
12. Parkinson 
13. Επιληψία
14. ΧΑΠ
15. Άσθμα
16. Ρευματοειδής αρθρίτιδα
17. Ψωρίαση
18. Αιματολογικά.
 
Παράλληλα, αναμένεται άμεσα να ξεκινήσει η κατάρτιση πρωτοκόλλου για τις οφθαλμολογικές παθήσεις όπως η εκφύλιση της ωχράς κηλίδας που η θεραπεία τους είναι εξαιρετικά ακριβή, καθώς επίσης και η σύνταξη οδηγιών για τον χρόνο επιλογής αλλαγής θεραπευτικού σχήματος και η προτίμηση βιολογικών παραγόντων αντί των συμβατικών θεραπευτικών επιλογών.
 
Στα νέα θεραπευτικά πρωτόκολλα εκτός από τη σειρά χρήσης των φαρμακευτικών επιλογών των γιατρών, θα περιλαμβάνονται και τα πακέτα διαγνωστικών εξετάσεων για την διάγνωση της πάθησης.
 
Το δεύτερο αυτό σημείο, υποδέχεται ο κλάδος των διαγνωστικών κέντρων και εργαστηρίων ιδιαίτερα θετικά, διότι με τον τρόπο αυτό, ανοίγει ο δρόμος για ένταξη στο σύστημα των αποτελεσμάτων των εξετάσεων για τον κάθε ασθενή, προκειμένου ο ηλεκτρονικός φάκελος να είναι πλήρης και το ιστορικό του ασθενή να παρουσιάζεται στον κλινικό γιατρό για την σωστή επιλογή της θεραπείας. Ταυτόχρονα όμως, θα δοθεί και η δυνατότητα για real time ελέγχους των εξετάσεων που πραγματοποιήθηκαν, άρα σχεδόν εκμηδενίζεται το ενδεχόμενο περικοπής στην αποζημίωση εξετάσεων από τον ΕΟΠΥΥ.